棉花受盐碱害后表现为棉芽畸形，叶片呈瘦小的黄叶，根系吸收和输导组织或细胞受害，并不引起全株死亡。例如对于盐类组分而言，棉花对碳酸盐和氯化物较敏感，而对于硫酸盐的抗性则较强。棉株受盐碱害的程度与土壤理化特性、盐分组成和比例、含水量、品种、生育阶段以及气候条件等有关
⒈温度失调病
⒉水分失调病
出苗期缺水，棉籽不能顺利发芽出土或出土后棉籽壳不脱离，影响子叶展开，形成弱苗或死苗。棉花的出苗期、开花结铃期和吐絮期都需要消耗相当的水分。如果这期间持续阴雨，会发生烂根或其它侵染性死苗。棉田干旱失水或雨涝淹水都会影响棉花正常生理功能，导致症状出现。如果成株期供水不足，会出现因蒸腾与吸水失调而脱水萎蔫，如果持续失调会导致全株死亡，开花结铃期缺水会使蕾铃大量脱落
据分析，棉花的耐盐浓度的变幅为0.5%～1.3%，属于比较抗盐的物作。试验证明，盐分在0.25%以下范围内，则盐分含量与出苗成负相关。水分与出苗成正相关。盐碱害的程度与土壤含水量也有关。当盐分高于0.3%，即使水分达到33%也难以出苗
⒋盐碱失调病
我国西北内陆棉区和北部特早熟棉区，无霜期短，棉苗常受春季低温或寒流危害，引起幼叶枯落，幼茎变黑死亡。一般说来，棉花受低温的威胁更大。稍大的棉苗受到低温危害，引起棉株脱水，嫩枝新叶扭曲，生长停滞、凋枯。低于15℃或高于42℃的土温会影响根系的发育和吸收。幼苗出土后如果持续15℃的温度，也很难生长，甚至叶色淡绿，叶缘上卷，成为弱苗，严重时死亡。棉花对于低温的反应较敏感，种子萌发时土温低于12℃即易发生烂芽
⒊光照的影响
棉花的光合强度与光照强度呈正相关，光照不足则棉株发育缓慢，蕾铃脱落较多，叶绿素形成受阻，叶片黄化，植株徒长，棉籽成熟不良