尿素深施，融肥于土，使肥料处于湿润的土层中，有利于肥效的发挥。作追肥应穴施于苗旁或沟施在苗侧，深度应在10-15厘米左右。尿素浅施易发挥，且易被杂草消耗。四忌浅施。这样，尿素集中在根密集层，便于作物吸收利用。很多试验证明，深施比浅施能提高尿素的利用率10%-30%
施用尿素过晚，不利于肥效的发挥，易造成作物贪青晚熟，故一般应比其他氮肥早施4-7天。七忌施用过迟
喷施尿素，作物合成蛋白质的数量和速度都超过其他氮肥。六忌高浓度叶面喷施。但是，叶面喷施切忌尿素溶液浓度过大，否则会烧坏叶片，也会毒害植株。通常对玉米、水稻喷施的浓度以2%为宜；蔬菜、瓜类以0.5%-1.5%为宜
施后中耕，使土、肥相融，大雨之前不能施用尿素。酰胺态的氮素，与土壤胶体间的吸附能力很低，其在土壤中的流动性和流失程度并不比硝态氮肥小。鉴于尿素的这些性能，追施尿素后，在其转化完毕之前，切勿浇水，否则流失浪费大。三忌施后立即用水。一般夏秋季节应在施后2-3天才能浇水，冬春季节应在施后7-8天后浇水
同时，因为高浓度的尿素能破坏种子的蛋白质结构，对种子也在毒害和抑制作用，故不宜作种肥。尿素作种肥，缩二脲的毒害作用将使种子失去发芽力，并危及幼苗。二忌作拌种肥。若必须作为种肥施用，要避免种、肥接确，并控制用量
尿素的有效成分是氮素，而作物生长发育需要多种营养成分。因此，尿素应和有机肥及磷、钾肥等配合施用，以满足农作物对各种养分的需要。如尿素与过磷酸钙混合施用，可以使不稳定的碳酸氢铵转变为稳定的磷酸铵，这样氮的自然挥发就大大减少。尿素与有机肥料混合施用，在发酵过程中产生有机酸，也可加速尿素的转化与分解，迅速被作物吸收，提高尿素的利用率。八忌单一施用
同时尿素施得过多，大部分被流失，进入地下水，将会导致水体的氮素污染，造成亚硝酸盐的沉积，严重影响人畜安全。施用过多，在转变为碳铵前不能被土壤吸收，容易补雨水冲走而千万损失，且易伤害作物。尿素含氮量高，施用量不宜过大，以免造成不必要的浪费和“肥害”。五忌用量过大。一般每亩施用5-15公斤，水田每亩施15-20公斤
因此，夏秋季节，尿素与碱性肥料应错开3-4天施用，冬春季应错开7-8天。一忌与碱性肥料混施或同时施。碱性肥料包括草木灰、石灰、钼镁磷肥等，如混合尿素施或同时施，会加剧尿素中的氮素变成氨而挥发