馆内还珍藏和陈列着价值连城有关佛教历史和文化的艺术珍品。佛教历史博物馆建于南山大佛基座内，总面积1800平方米，馆内展示了佛教文化兴起兴盛的历史及对中国传统文化文明的深刻影响，营造出一个意蕴空灵、禅境独具的佛教文化空间
南山大佛于公元二零零四年四月十八日（农历甲申年闰二月二十九日）隆重举行了南山大佛开光庆典法会
万佛殿内陈列供奉着9999尊、栩栩如生的铜制金身小佛像，与南山大佛共成万尊的宏大阵容
南山大佛熔古今中外佛像造型艺术的精华，使古老的青铜铸造工艺和现代科技成果于一体，展现了佛教文化与现代文明的完美结合。莲花座下建有功德堂、万佛殿和佛教历史博物馆。由232件佛体、108块莲花瓣、302个发髻、共642块锡青铜铸造件组合而成，堪称目前世界第一铜铸大佛。南山大佛为释迦牟尼坐佛造像，选材锡青铜铸造，大佛高38.66米，重380吨
功德堂是铭记善信捐建佛、寺功德的殿堂，南山禅寺大德法师还定期为功德主祈福，殿内镶有31块包含124个佛陀应化故事的紫金铜雕工艺壁画