热处理是比较常用的一种方法，主要是通过加热那些颜色较深的碧玺，如深蓝、深绿、深紫等，使其原来的颜色变浅，从而增强其透明度，提高其档次。对碧玺进行优化处理的方法主要有热处理、辐照处理、电子轰击、镀膜处理等
电子轰击也是一种改变碧玺颜色和透明度的方法，它可使碧玺变成更好的红色，但是以这种方法颜色改变的同时会使碧玺产生大量的裂纹。比较特别的是绿碧玺在电子轰击下颜色不会发生改变
辐照处理也是改变碧玺颜色的一种方法，人们可以通过对无色或色淡、多色的碧玺运用高能辐射进行辐照处理，得到不同的颜色。曾经就有科学家利用辐照处理对我国新疆出产的碧玺进行处理，处理后浅粉红色的碧玺变成了红、深红色，浅绿色碧玺变成了粉红、红、深红色；双色碧玺变成了红绿、红紫色；无色碧玺变成了粉红、红、深红色
镀膜处理主要运用在各种无色或近无色的碧玺上，经镀膜处理后的无色、近无色碧玺可以可以形成各种颜色
对于碧玺品质的评价，主要从颜色、克拉数和透明度这几个方面展开的，但是在碧玺的形成过程中，要承受大地的高温高压，完美无缺的碧玺是几乎不存在的。为了得到更加美丽的碧玺，人们研究了对品相不好的碧玺进行优化处理的方法