树木的位置确定后，就可将培养土放入盆内。浅盆多用丝网，较深盆可用碎瓦片。如盆土有粗细之分，则先将粗粒土放在盆下，再放细粒土壅根填实。如是浅盆，则可不留水口，有时还要堆土栽种。树木栽种的深浅，也要根据造型的需要，一般将根部稍露出土面即可。在选好盆、准备好盆土准备栽种时，用碎瓦片或铁丝网或塑料丝网先填塞盆底的排水孔。土放到接近盆口处，稍留一点水口，以利于浇水。培土时一边放入，一边用竹杆将土与根贴实，但不要将土压得太紧，只要没有大的空隙即可，这样有利于透气透水
不同地方所用的配方并不一样，例如广东就常直接利用塘泥作为盆土。一般树桩盆景植物喜好富含腐殖质、疏松肥沃、排水透气的沙质壤土。能用于构成盆景用土的基质有腐叶土、腐殖土、稻田土、山泥、塘泥、河沙等等。对于酸碱度来说，不同的树种有不同的要求，例如要求酸性的有杜鹃、ji木等；要求中性或钙质土的有榔榆、朴树等；能耐碱性的有怪柳、枸杞等
第一次浇水，务必浇透。水浇好后，放置于无风半荫处，注意经常浇水，保持土壤湿润，约半个月后，便生新根，这时才能按正常进行管理。树木栽种好后，即可浇水。新栽的土较松，最好用细喷壶喷水