但是，目前应用于育种的百合原种不足一半，还有许多具备特殊优良性状的百合原种亟待进一步开发利用。中国是百合属植物自然分布中心。我国的科研教学单位的研究人员，对中国百合品种改良与生物技术研究的进展进行了详尽的分析与研究。在这片土地上，原产百合有47个品种和18个变种，在世界百合品种改良中占有十分重要的地位
为实现百合杂种苗的快速繁殖，组织培养技术将大有作为。对乙烯敏感的种及品种，可通过基因工程控制乙烯代谢，延长瓶插寿命。无花粉和雄性不育相关，导入雄性不育基因，有望解决百合花粉污染的问题。专家介绍，将抗病的相关基因转入栽培品种中，从中筛选出既有优良的观赏价值，又具较强抗性的植株
百合花型的直立喇叭型是花型改良的主要目标。除此之外，还要考虑瓶插寿命、无花粉以及繁殖能力等因素。生物技术在百合品种改良上主要应用在种质资源的离体保存，离体胚培养以克服远缘杂交不亲和性，花药培育与单倍体育种，利用转基因技术定向修饰性状，以及良种快速繁育等。这些丰富多彩的原种是通过杂交育种，改善百合株型、抗性等状性的重要亲本。花色、花香、花型，是花卉育种的主要目标，百合虽花色多样，但缺乏鲜红、蓝紫色。在株型上，切花品种要求植株高大，微型盆栽品种则要求植株矮小。中国百合的优势明显：毛百合、东北百合等花朵直立向上、植株高大，适宜培育切花品种，紫花百合、小百合、玫红百合、尖被百合、马唐百合、蒜头百合、藏百合等植株矮小，适宜培育微型盆栽品种；湖北百合、毛百合、山丹、岷江百合是抗病育种的重要亲本。在育成的百合新品种中，绝大部分采用杂交育种的方法，其中相当一部分为远源杂交，育种领域取得了可喜成绩。在花期上，主要选育早花、晚花品种，以延长花期和观赏期。增加亚洲百合的香味，减少东方百合的香味则是香味育种的目标。抗逆性也是育种的重要目标。生物技术与常规育种的结合，使百合育种工作前景广阔。一些百合可用于抗寒育种，有的可用于抗热育种