黄玉的柱状晶面上有纵的条纹，而水晶则是横的条纹。黄玉与水晶的原料区分较为容易。而对末镶嵌的饰品，比重（手感）也可作为区分的依据，黄玉的比重在3.49以上，而黄色水晶只有2.65左右；用手掂，黄玉有"坠"手的感觉，水晶则较轻。当然，黄玉宝石的光泽柔和，而水晶的光泽则较“冷”，尖锐，依此也可区分
肉眼区别黄玉与，最重要的是碧玺有较强的二色性，而黄玉除粉红色者外，其他色的黄玉二色性都弱；另外，碧玺的双折射强，往往可见双影
蓝色黄玉与海蓝宝石的区别 ，一般情形是较为困难的，可以作为参考的特征是：蓝色海蓝宝石往往带些黄绿色的色调并具轻微的二色性， 比重较轻。确切鉴定要用折光仪等来测定
实际上，除了黄玉更为柔和，略具绒状外观的特征外，肉眼下两者极难区分，御府玉器网下面就介绍下黄玉与上述几种宝石的区别。容易和黄玉相混的常见宝石主要有水晶、海蓝宝石、碧玺及玻璃仿制品等几种，其中最易相混的是黄色水晶。属一般宝石，常见颜色有无色、粉红色、黄色及蓝色等
在放大条件下，黄玉有时可见到一种互不相溶的液体组成的气液包裹体，而玻璃内往往含圆球形的气泡，这点可作为辅助证据。玻璃与黄玉除光泽和偏光性不同外，黄玉是天然晶体，具有良好的传热性，因而有冰冷的感觉，而玻璃则是"温"的